Lembaga Pemegang Amanah Aqsa Syarif

Aqsa Syarif ditadbir oleh Lembaga Pemegang Amanah (BOT). Senarai 9 orang ahli BOT Aqsa Syarif adalah seperti berikut:

Ustaz Hasanuddin bin Mohd Yunus (Pengerusi)
Dr Zain bin Kandar	Dr Selamat bin Aliman
Hj Yusof bin Suratman	Dr Hafizi Mohd Nor
Hj Ahmad Shafiai bin Uda Jaafar	Dr Tengku Shahrom bin Tengku Shahdan
Dr Fauziah binti Mohd Hasan	Hjh Syarifah Mahizah binti Syed A. Kadir